統計解析

【最新版:2024】MacでEZRを使ってみよう!インストールから起動しない時の対処法まで

投稿日:2021年2月10日 更新日:

【最新版:2024】MacでEZRを使ってみよう!インストールから起動しない時の対処法まで解説

最強の無料統計ソフトであるEZRを気分よくつかっていた2021/02/08のことです。
(EZRの解説はこちらで→【完全無料】統計の勉強ってどうしたら良いの?:Rの導入をフリーソフトEZRで簡単に!

「XQuartsのアップデートがあります!」
という文言につられてアップデートしましたところ、

 

 

 

EZRが起動しなくなりました。まてど暮らせど、

 

 

いまいましい、

 

 

あの虹色くるくるですよ。

なんど起動しても100%フリーズするようになりました\(^o^)/

 

EZRが死にました。。。

 

仕方ないので再インストールすることにしましたが、
ここからが地獄でした。インターネットの情報は古くて使い物にならなかったです。

最終的には4時間くらいかかってできたのでそのプロセスをお示しします。

 

MacへのEZR初回インストール

実は初めてMacへインストールするのは結構簡単です。
まず自治医科大学のホームページfor Mac EZRをひらいて参照しながらやっていきます。
今回この説明を基本として画像をたくさん交えて解説していきます。
(→MacOS X版のEZR ダウンロード)

step1. Rをダウンロード

 CRAN(Comprehensive R Archive Network)ホームページ の(Download R for MacOS X)のページから
インストーラーをダウンロードしてメインのドライブにインストールしてください(公式)。

さて、ここを開くと英語です。とりあえずDown load R for (Mac) OS Xをクリック↑

 

するとこの画面になります↓

重要なことがかいてあるのでGoogle翻訳にぶちこんで軽く読んでおきましょう。

 

ここで最新VerであるR-4.0.3pkg 
という青い文字列があるのでクリックします。
これが最新VerのRのセットになります(2021/02/09時点)。

クリックしてダウンロードします。

 

ここからが重要です。

 

Note:の記載のところにXQuartzって書いてます。
これもOS Xなら必要になってきます。
Xquartsというのは、
Macのデスクトップ画面上にWindowを表示するシステムです。
これがパッケージにはいっていないため別にダウンロードしないといけません

 

さらに、この最下部の画像のImportantというところに、英語で
このリリースはXcode10.1とGNU Fortan 8.2がいりますよと書かれています。

 

 

?Xcode?GNU Fortan????ですよね。
まあ別に理解する必要はありません。
(XcodeはAppleのソフトウェア開発ツール、GNUFortan 8.2とはコンピューター言語の一つです。
Xcodeはダウンロードしなくてもなぜかいけましたが無理ならばダウンロードしてください。apple storeにあります。)

 

 

とにかく大事なことは、
EZRはこの
R-4.3.2pkg をインストールするだけでは、

 

動かないのです!!

R-4.0.3pkg +XQuarts+GNU Fortan 8.2
3つを最低限ダウンロードすることが必要なのです!

2. XQuartsのダウンロード

RコマンダーおよびEZRはX11ウインドウシステムを使用しますが、Mountain Lion以降のOS Xは

標準ではX11がインストールされていません。あらかじめXQuartz プロジェクト (http://xquartz.macosforge.org) から
X11システムをインストールしておいてください。クリックしてダウンロードします。

 

3. GNU Fortan 8.2のダウンロード

GNUFortanはコンピューター言語のひとつです。ここからMac用の各Verをダウンロードできます。
https://github.com/fxcoudert/gfortran-for-macOS/releases
(このページがちょっとみつけにくいです。今回は8.2をダウンロードします。)

4.1−3をインストールしてRを起動

1−3をすべてダブルクリックすればインストールできます。
その後、Rを起動しいくつかの操作を加えていきます。

こんな画面になります。

 

>の後に、

install.packages(“RcmdrPlugin.EZR”, dependencies=TRUE)

とうちこみ、returnキーを押します(自治医科大学のHPからコピペでいいです)。
これによってRコマンダー、EZR、その他の必要なパッケージがインストールされます。

Rコマンダーを実行するにはR consoleと書かれたウインドウの中の”>”の後に

library(Rcmdr)
とうちこみ、returnキーを押します(自治医科大学のHPからコピペでいいです)。これが成功すると

ついにRコマンダーが立ち上がります\(^o^)/

次にRコマンダーのウインドウのメニューから「ツール」
→「Rcmdrプラグインのロード」としてRcmdrPlugin.EZRを選択し、
「再起動しますか?」という問いに「はい」を選ぶとEZRが起動します。

5. EZRの自動起動のセッティング

ここまでの操作でEZRが使えるようになったのですが、
このままだと、
XQuartzの起動→Rの起動→library(Rcmdr)というコマンドの打ち込み
をしないとEZRが起動しません。それは面倒なので自動起動のセッティングをします。

 

Finder→アプリケーション→ユーティリティの中にある

このユーティリティの中にあるターミナルを開きます。

 

以下の##Starts hereから##Ends hereまでをコピーして
ターミナルに貼り付けると、EZR自動起動の調整は終了します。

## Starts here
echo “options(Rcmdr=list(plugins=’RcmdrPlugin.EZR’))” >> ~/.Rprofile
echo “library(Rcmdr)” >> ~/.Rprofile
echo “local({” >> ~/.Rprofile
echo “old <- getOption(‘defaultPackages’)” >> ~/.Rprofile
echo “options(defaultPackages = c(old, ‘Rcmdr’))” >> ~/.Rprofile
echo “})” >> ~/.Rprofile
## Ends here

 

それでもダメな場合

上の手順をしても、エラーが出てEZRが起動しない場合!

実は、shunもダメでした!自治医大のHPにもかかれていますが、
理由としては以前にRを使っていた場合に以前のRの内部設定が
残っていたことが原因のようです。

 

 OS XでEZRがうまく作動しない原因のほぼすべてはEZRの問題ではなく、
Rコマンダーや必須ソフト(XQuarts, GNU Fortan)のインストールの問題です。

 

①XQuartsをダウンロードしたか確認する

まずは手順に沿ってX11システムをインストールしたかどうかを確認してください。
既にインストールしている場合でも、XQuartzプロジェクトからX11システムを
再インストールすると解決することがあるので、最初に試してみてください。

 

②GNU Fortan 8.2をダウンロードしたか確認する

shunの場合これがひとつの原因でした。ここからダウンロードしてください。

 

③Rの内部設定を確認する

また、Rの内部設定であるRprofileのファイルにエラーがある可能性があります
(特に以前に既にR、Rコマンダー、EZRをインストールしていた場合に多い)。

この対策としては、アプリケーションのユーティリティの中からターミナルを起動して、
以下の##Starts hereから##Ends hereまでをコピーして
ターミナルに貼り付けることによってRprofileファイルを開きます。

↓ここのみコピー

 

##Starts here
open -a TextEdit.app ~/.Rprofile
##Ends here

 

↑ここだけコピーしてターミナルに貼る
(アプリケーション→ユーティリティ→ターミナル)

 そして、全ての行の先頭に半角の#を加えて(つまりその行を無効にして)
上書き保存してから再度EZRの起動を試みてください。

④関連アプリケーションのアンインストールする
(R、またはXQuartzを一度アンインストールする)

以上の操作を行ってもうまくいかない場合は、一度Rをアンインストールしてください(アプリケーションフォルダーの中のR.appをゴミ箱に入れる)。その後に再度RとEZRのインストールを試してみてください。これらの作業の後にうまく起動しなくても、一度再起動すればその後は問題なく動作することも多いようですので、必ずお試しください。

 

まとめ

EZRは最高のツールですがやや説明がたりなかったり、導入が難しめの印象がございます。上記のポイントを押さえれば起動できるはずです。
それでも無理なら作者の自治医大様に問い合わせてください。
頑張ってくださいね。

 

関連記事

【完全無料】統計の勉強ってどうしたら良いの?:Rの導入をフリーソフトEZRで簡単に!

学会発表後にそろそろ医学論文を書こうかなと思ったら準備すべき3つのこと

 

EZRでやさしく学ぶ統計学 改訂3版 〜EBMの実践から臨床研究まで〜
いつのまにか公式3版がでてます!必読の一冊。

みんなの医療統計 多変量解析編 10日間で基礎理論とEZRを完全マスター! (KS医学・薬学専門書)
みんな大好き多変量解析編もあります。

世界一やさしいEUSの教科書 目次|コンベックス型超音波内視鏡(EUS)のはじめ方から奥義まで

-統計解析

執筆者:


コメントを残す

関連記事

【完全無料】統計の勉強ってどうしたら良いの?:Rの導入をフリーソフトEZRで簡単に!

統計ってどうしたらいいの?フリーの統計ソフトは? 学会発表、論文で統計解析したい方のために しゅんあとは、ここの解析しておいてね、t検定でいいよ。多変量解析もできたらやっといてね わかりました!!! …

【徹底解説】EUS channelをまとめて追加コンテンツを多数追加し一冊の教科書にしました。EUSスクリーニングからFNAまで徹底解説しております。前半は無料公開中です。本書を読めば、EUSを短期間でマスターする助けになります。

世界一やさしいコンベックスEUSの教科書:note

 

 

この投稿をInstagramで見る

 

#今日のeus #nikebyyou

EUS channel(@euschannel)がシェアした投稿 –

Twitter でフォロー

超音波内視鏡(convex EUS)は本当に導入が難しい技術の一つです。また安全のために抑えるべきポイントを理解していないと穿孔することもあり危険です。導入したいと思いながらも導入できない施設も多いのではないでしょうか?

私達の学習メソッド(コンベックス型超音波内視鏡(EUS)トレーニング法 ・描出のコツ:目次 )では約3ヶ月で通常のスクリーニングができるようになります。